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Morosaglia se situe dans le « deçà des monts » (Cismonte en langue corse) ou Corse schisteuse au nord-est de l'île, dans le prolongement de l'arête schisteuse du Cap Corse qui se poursuit avec le massif du Monte San Petrone et se termine au sud de la Castagniccia. Ce massif est un bloc de schistes lustrés édifié au tertiaire lors de la surrection des alpes sur un socle hercynien, de la fin de l'ère primaire.
Commune de moyenne montagne, son territoire occupe une partie de la zone dépressionnaire centrale, appelée « cuvette de Ponte-Leccia », à l'ouest de l'arête schisteuse du San Petrone ; cette zone a une couverture sédimentaire autochtone de la Corse ancienne qui est une des composantes de la Corse orientale Alpine.
Ce territoire s'étend sur une longue bande de terre comportant un étranglement sur la partie entre Bocca di Riscamone - Bocca a Serna, orientée presque latéralement depuis le flanc du col de Prato (985 m - Quercitello) à l'est, jusqu'aux limites de la commune de Moltifao à l'ouest, représentées par une petite barre montagneuse d'environ 500 mètres d'altitude. Entre les deux coule le Golo.
Le territoire communal est délimité :
- au nord, depuis le lieu-dit « Pontare », par la Tartagine jusqu'à confluence avec l'Asco, puis par l'Asco jusqu'à sa confluence avec le Golo ;
- au nord-est, par une ligne de crête orientée au sud-est, démarrant de la confluence de l'Asco et du Golo, passant par les Cima di Tozzo (470 m), Serra Debbione (679 m), Cima Barbutola (656 m), Bocca di Riscamone (600 m), puis longeant le côté inférieur de la route D71 jusqu'à la bocca a Serna (696 m), enfin suivant une nouvelle ligne de crête jusqu'à la Cima di Campo Rotondo (1 156 m), pour atteindre la bocca di San Paolo (1 230 m) ;
- à l'est, depuis la bocca di San Paolo jusqu'à la Punta di Chiarasgioli (1 211 m), par une ligne de démarcation quasi verticale passant par la bocca di Pruno (1 114 m) ;
- au sud, depuis la Punta di Chiarasgioli, suivant un axe SE - NO, par une ligne qui ne suit pas les crêtes mais les flancs tantôt à l'adret, tantôt à l'ubac de divers petits vallons, atteignant toutefois le sommet Pedani (910 m), avant de plonger vers le cours de la Casaluna peu avant sa confluence avec le Golo ;
- à l'ouest, une partie du cours du Golo suivie d'une nouvelle ligne de crête jusqu'au lieu-dit « Pontare », constituent ses limites. Cette ligne passe par l'Orienda (566 m), la bocca Pastoreccia (396 m) et la punta di Tribbio (436 m).